DDawngammaddocs(opencode): remove extra default-agent notes

MCPサーバーセットアップガイド

Claude Scholarは拡張機能のためにMCP（Model Context Protocol）サーバーを利用します。MCPサーバーはこのリポジトリには含まれていません — ユーザーが個別にインストールおよび設定する必要があります。

必須MCPサーバー

1. Zotero MCP（研究ワークフロー）

使用先: literature-reviewerエージェント、/research-init、/zotero-review、/zotero-notesコマンド

パッケージ: Galaxy-Dawn/zotero-mcp — ローカルZoteroデスクトップとWeb APIモードを自動検出。Web認証情報はリモートアクセスまたは書き込みツールの場合にのみ必要。

機能

カテゴリ	ツール
インポート	`zotero_add_items_by_identifier`, `zotero_add_items_by_doi`, `zotero_add_items_by_arxiv`, `zotero_add_item_by_url`
読み取り	`zotero_get_collections`, `zotero_get_collection_items`, `zotero_search_items`, `zotero_semantic_search`
更新	`zotero_update_item`, `zotero_update_note`, `zotero_create_collection`, `zotero_move_items_to_collection`, `zotero_reconcile_collection_duplicates`
削除	`zotero_delete_items`（ゴミ箱へ移動）, `zotero_delete_collection`
PDF	`zotero_find_and_attach_pdfs`（source-aware PDF cascade）, `zotero_add_linked_url_attachment`

前提条件

Web API認証情報なしでローカル読み取り専用アクセスを行う場合はZoteroをインストール
書き込みツールまたはリモートWeb APIアクセスの場合は、Zotero設定 -> セキュリティ -> アプリケーションを開く
Create new private keyをクリックしてAPIキーを生成
同じページでボタンの下に表示されるUser IDをコピー。個人ライブラリの場合、この数値をZOTERO_LIBRARY_IDとして使用

インストール

# uv経由でインストール（推奨）
uv tool install git+https://github.com/Galaxy-Dawn/zotero-mcp.git

設定

以下からプラットフォームを選択してください:

Claude Code

Claude Code v2.1.5以降の場合、~/.claude.jsonのmcpServersに追加。

それ以前のバージョンの場合、~/.claude/settings.jsonのmcpServersに追加:

{
  "mcpServers": {
    "zotero": {
      "command": "zotero-mcp",
      "args": ["serve"],
      "env": {
        "ZOTERO_API_KEY": "your-api-key",
        "ZOTERO_LIBRARY_ID": "your-user-id",
        "ZOTERO_LIBRARY_TYPE": "user",
        "UNPAYWALL_EMAIL": "your-email@example.com",
        "UNSAFE_OPERATIONS": "all"
      }
    }
  }
}

Codex CLI

~/.codex/config.tomlに追加:

[mcp_servers.zotero]
command = "zotero-mcp"
args = ["serve"]
enabled = true

[mcp_servers.zotero.env]
ZOTERO_API_KEY = "your-api-key"
ZOTERO_LIBRARY_ID = "your-user-id"
ZOTERO_LIBRARY_TYPE = "user"
UNPAYWALL_EMAIL = "your-email@example.com"
UNSAFE_OPERATIONS = "all"
NO_PROXY = "localhost,127.0.0.1"

OpenCode

~/.opencode/opencode.jsoncに追加:

{
  "mcp": {
    "zotero": {
      "type": "local",
      "command": ["zotero-mcp", "serve"],
      "enabled": true
    }
  }
}

次に~/.zshrcで環境変数を設定:

# Zotero MCP
export ZOTERO_API_KEY="your-api-key"
export ZOTERO_LIBRARY_ID="your-user-id"
export ZOTERO_LIBRARY_TYPE="user"
export UNPAYWALL_EMAIL="your-email@example.com"
export UNSAFE_OPERATIONS="all"

環境変数

変数	必須	説明
`ZOTERO_API_KEY`	ローカル読み取り専用: 不要、Web/書き込みツール: 必要	Zotero APIキー
`ZOTERO_LIBRARY_ID`	ローカル読み取り専用: 不要、Web/書き込みツール: 必要	個人ライブラリ用のZotero `User ID`（数値）
`ZOTERO_LIBRARY_TYPE`	必要	`user`または`group`
`UNPAYWALL_EMAIL`	不要	Unpaywall PDF検索用メールアドレス
`UNSAFE_OPERATIONS`	不要	`items`（delete_items）、`all`（delete_collection）
`NO_PROXY`	不要	localhostのプロキシをバイパス

注意:

最小限のローカルセットアップはcommand = "zotero-mcp"とargs = ["serve"]のみです。
本番設定にyour-api-key、your-user-id、your-email@example.comなどのプレースホルダー値を残さないでください。

利用可能なツール

ツール	用途
`zotero_get_collections`	全コレクションを一覧表示
`zotero_get_collection_items`	コレクション内のアイテムを取得
`zotero_search_items`	キーワードでライブラリを検索
`zotero_search_by_tag`	タグで検索
`zotero_get_item_metadata`	アイテムのメタデータとアブストラクトを取得
`zotero_get_item_fulltext`	PDFフルテキストを読解
`zotero_get_annotations`	PDFアノテーションを取得
`zotero_get_notes`	ノートを取得
`zotero_semantic_search`	セマンティック検索（埋め込みを使用）
`zotero_advanced_search`	高度な検索
`zotero_add_items_by_identifier`	DOI、arXiv、ランディングページ、または直接PDF URLから論文をスマートに取り込む。Webアップロードが容量制限に当たり、かつ Zotero Desktop が起動している場合は、ローカル connector copy（`pdf_source=local_zotero_copy`）へフォールバックしたり、既存のローカル copy（`pdf_source=local_zotero_existing_copy`）を再利用したりでき、利用可能な場合は `local_item_key=...` を返す
`zotero_add_items_by_doi`	DOIで論文をインポート
`zotero_add_items_by_arxiv`	arXiv IDでプレプリントをインポート
`zotero_add_item_by_url`	Webページをアイテムとして保存
`zotero_update_item`	アイテムのフィールドを更新
`zotero_update_note`	ノートの内容を更新
`zotero_create_collection`	コレクションを作成
`zotero_move_items_to_collection`	コレクション間でアイテムを移動
`zotero_update_collection`	コレクション名を変更
`zotero_delete_collection`	コレクションを削除
`zotero_delete_items`	アイテムをゴミ箱に移動
`zotero_find_and_attach_pdfs`	既存アイテムに対して source-aware PDF cascade を再実行
`zotero_reconcile_collection_duplicates`	インポート後の重複排除とコレクション単位のクリーンアップ
`zotero_add_linked_url_attachment`	リンクURL添付ファイルを追加

ワークフローメモ: Claude Scholar の現在の研究立ち上げ経路では、インポートに zotero_add_items_by_identifier を優先し、その後の標準クリーンアップとして zotero_reconcile_collection_duplicates を使います。import ledger と local-copy reconcile は、既定の公開 MCP ツールではなく内部診断に留まります。

2. ブラウザオートメーションMCP（任意）

用途: Chromeブラウザ制御、Webページインタラクション。

設定

{
  "mcpServers": {
    "streamable-mcp-server": {
      "type": "streamable-http",
      "url": "http://127.0.0.1:12306/mcp"
    }
  }
}

検証

設定後、CLIを再起動してMCPサーバーの接続を確認:

# Zoteroの例:
> List my Zotero collections

ツールがデータ（例: コレクション）を返せば、セットアップは完了です。

トラブルシューティング

問題	解決方法
ツールがエラーを返す	APIキーとライブラリIDが正しいか確認
PDF添付が失敗する	`UNPAYWALL_EMAIL`が設定されているか確認
削除操作がブロックされる	`UNSAFE_OPERATIONS=items`または`all`を設定
HTTPエラー	`NO_PROXY`にlocalhostが含まれているか確認
APIレート制限（429）	一度に10件以下の論文をバッチ処理し、バッチ間に遅延を追加

MCPサーバー セットアップガイド