变更摘要

本次变更对 requirements.txt 进行依赖清理，移除了五个项目运行时非必需的 Python 包（pytest-cov、ruff、yapf、PyYAML、requests），同时明确保留 pandas 与 h5py，以降低依赖冗余并避免因误删关键包导致的运行时风险。

主要改动

• 移除 pytest-cov：测试覆盖率已通过 scripts/run_tests.sh 中的 python3 -m coverage 直接调用，无需额外安装 pytest-cov 插件。
• 移除 ruff：代码检查工具 ruff 由 pre-commit hook 的隔离环境统一管理，requirements.txt 中不再重复声明。
• 移除 yapf、PyYAML、requests：这三个包未被项目运行时直接使用，属于冗余依赖，一并清理。
• 保留 pandas 与 h5py：构建流程中的 msaccucmp 比对能力依赖 CSV/HDF5 解析，删除这两个包会导致运行时缺依赖风险，故暂予保留。

代码审查

审查总结

变更文件审查：

• requirements.txt — 审查完成，发现 1 个问题

问题按优先级统计：

整体风险评估：低风险。

本次变更从 requirements.txt 中移除了 5 个确认未被项目代码 import 的依赖（pytest-cov、ruff、yapf、PyYAML、requests），减少了依赖供应链攻击面和安装开销。唯一需关注的是 ruff 被移除后，scripts/incremental_codecheck.py 在脱离 pre-commit 直接执行时可能因缺少 ruff 模块而失败，但这属于边缘场景，且 PR 的设计意图是 ruff 应由 pre-commit 隔离环境管理。其余移除项（pytest-cov、yapf、PyYAML、requests）在全仓 1108 个文件中均无 import 引用，移除安全。decorator 仅因文件尾换行符修复而重新定位，内容未变。pandas 和 h5py 按设计保留，属于合理的范围决策。

⚠️ 已识别出整体风险，但无法提取行内评论，请参考整体评估。

CLA Signature Pass

sinat_31531339, thanks for your pull request. All authors of the commits have signed the CLA. 👍

Thanks for your pull-request.
The full list of commands accepted by me can be found at here。
You can get sig-info at here

PR Approval Progress

✅ Congratulations! All modules have met the lgtm and approve requirements.

Module Approval Details

💡 Tip:

• Committer can comment /approve or /lgtm
• Commenting /approve implies both code review (lgtm) and intent to merge (approve)

compile

流水线任务触发成功
任务链接 [9ba90a2340d64d508c898b81427cbfeb][流水线指导]

[2026-07-17 23:05:12]    CI执行结束

@newstarzj

@newstarzj 感谢评审，5 条意见已逐条核实并处理如下（因 GitCode 已禁用 v4 接口无法逐条挂线程回复，这里统一引用回复）：

requirements.txt（PyYAML）级别：严重 —— 移除 PyYAML 可能导致 import yaml 运行时 ImportError

已核实：全局搜索本项目代码（src/、scripts/）无任何 import yaml / from yaml 引用，仅测试虚拟环境 .venv_test/ 下第三方包（torch 等）使用，非项目运行时代码。移除安全，不引入 ImportError。

requirements.txt（requests）级别：严重 —— 移除 requests 可能导致 import requests 运行时 ImportError

已核实：本项目代码中无任何 import requests / from requests 引用，仅 .venv_test/ 下第三方包（fsspec、sympy 等）使用。移除安全，不影响运行时。

requirements.txt（pytest-cov）级别：一般 —— 若用 pytest --cov 会导致覆盖率收集失败

已核实：覆盖率收集在 scripts/run_tests.sh:471 使用 python3 -m coverage run --source=... -m pytest，并非 pytest --cov；脚本中出现的 --cov) 只是 run_tests.sh 自身的 getopt 选项名，与 pytest-cov 插件无关。全仓无 pytest --cov 用法，coverage 依赖已保留，移除 pytest-cov 不影响 CI 覆盖率收集。

requirements.txt（ruff/yapf）级别：一般 —— 若 CI 有风格检查/格式化步骤会失败，建议移至 dev-requirements 而非删除

已核实：ruff 由 pre-commit 隔离环境统一管理（见 .pre-commit-config.yaml），scripts/incremental_codecheck.py 也是作为 pre-commit 钩子在该隔离环境中运行，不依赖 requirements.txt 中的声明；yapf 在本项目代码中无任何引用。CI 风格检查走 pre-commit，不受本次移除影响，故无需保留或迁移到 dev-requirements。

requirements.txt（可追溯性）级别：提示 —— 移除多个依赖未说明原因，建议在 PR 描述补充证据

建议已采纳：已在 PR 描述中补充每个被移除依赖的移除理由与"全局搜索确认无 import 引用"的证据。

/lgtm

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/approve

The following label is not ready.

ci-pipeline-passed: The ci-pipeline-passed label is expired. Please compile again.

compile

流水线任务触发成功
任务链接 [e0d31103342a466fa741442b8ddc2273][流水线指导]

[2026-07-21 20:31:13]    CI执行结束