NetMHCIIpan MCP

通过 Docker 使用 NetMHCIIpan-4.3 进行 MHC II 类分子结合预测

一个基于 MCP（模型上下文协议）的服务器，用于 MHC II 类肽结合预测和免疫原性评估，包含 18 个工具：

• predict_peptide_binding -- 预测肽段与 MHC II 类分子的结合
• analyze_protein_sequence -- 定位蛋白质中的免疫原性表位区域
• predict_custom_mhc_binding -- 使用自定义 α/β 链进行结合预测
• predict_binding_affinity -- 多等位基因结合筛选
• submit_peptide_prediction / submit_protein_analysis / submit_custom_mhc_prediction -- 异步任务提交
• submit_batch_multi_allele_screening / submit_large_peptide_screening / submit_multi_allele_screening -- 批量处理
• get_job_status / get_job_result / get_job_log / cancel_job / list_jobs -- 任务管理
• export_predictions_to_excel -- 将结果导出为 Excel 格式
• analyze_netmhcpan_output -- 解析原始 NetMHCIIpan 输出
• get_server_info -- 服务器功能和支持的等位基因

使用 Docker 快速开始

方法 1：从 GitHub 拉取预构建镜像

这是最快的入门方式。每次发布时，预构建的 Docker 镜像会自动发布到 GitHub 容器注册表。

# Pull the latest image
docker pull ghcr.io/macromnex/netmhc2pan_mcp:latest

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add netmhc2pan_mcp -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` ghcr.io/macromnex/netmhc2pan_mcp:latest

注意： 请从您的项目目录运行。`pwd` 会展开为当前工作目录。

要求：

• Docker
• 已安装 Claude Code

就是这样！NetMHCIIpan MCP 服务器现已在 Claude Code 中可用。

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方法 2：本地构建 Docker 镜像

自行构建镜像并将其安装到 Claude Code 中。这在需要自定义或处于离线环境时非常有用。

# Clone the repository
git clone https://github.com/MacromNex/netmhc2pan_mcp.git
cd netmhc2pan_mcp

# Build the Docker image
docker build -t netmhc2pan_mcp:latest .

# Register with Claude Code (runs as current user to avoid permission issues)
claude mcp add netmhc2pan_mcp -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` netmhc2pan_mcp:latest

关于 Docker 标志：

• -i -- Claude Code 的交互模式
• --rm -- 退出后自动删除容器
• --user `id -u`:`id -g` -- 以当前用户身份运行容器
• -v -- 挂载项目目录

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验证安装

claude mcp list
# You should see 'netmhc2pan_mcp' in the output

在 Claude Code 中，您现在可以使用全部 18 个工具：

• predict_peptide_binding、analyze_protein_sequence、predict_custom_mhc_binding、predict_binding_affinity
• submit_peptide_prediction、submit_protein_analysis、submit_custom_mhc_prediction
• submit_batch_multi_allele_screening、submit_large_peptide_screening、submit_multi_allele_screening
• get_job_status、get_job_result、get_job_log、cancel_job、list_jobs
• export_predictions_to_excel、analyze_netmhcpan_output、get_server_info

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后续步骤

• 详细文档：请参阅 detail.md 获取全面指南，包括本地安装、脚本使用、配置文件、演示数据、等位基因列表和故障排除

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使用示例

预测肽与 MHC II 的结合

Use predict_peptide_binding with peptides "AAAGAEAGKATTE,AALAAAAGVPPADKY" for allele DRB1_0101 and include summary statistics

绘制蛋白质表位图谱

Run analyze_protein_sequence on @my_protein.fasta using allele DRB1_0101 with context-aware prediction enabled

人群覆盖率筛选

Run predict_binding_affinity on @peptides.txt across alleles "DRB1_0101,DRB1_0301,DRB1_1501" and generate Excel output

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故障排除

Docker 问题

问题： 容器未找到或拉取失败

# Verify Docker is running
docker info

# Pull with explicit tag
docker pull ghcr.io/macromnex/netmhc2pan_mcp:latest

问题： 输出文件权限被拒绝

# Ensure you're using the --user flag
docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` ghcr.io/macromnex/netmhc2pan_mcp:latest

问题： MCP 服务器无响应

# Re-register with Claude Code
claude mcp remove netmhc2pan_mcp
claude mcp add netmhc2pan_mcp -- docker run -i --rm --user `id -u`:`id -g` -v `pwd`:`pwd` ghcr.io/macromnex/netmhc2pan_mcp:latest

问题： 容器内未找到文件路径

# Make sure to run Claude Code from the directory containing your files
# The -v `pwd`:`pwd` flag mounts only the current directory
cd /path/to/your/project
claude

问题： 容器内出现 NetMHCIIpan 二进制文件错误

# Test the container directly
docker run --rm ghcr.io/macromnex/netmhc2pan_mcp:latest --help

# If the binary fails, rebuild the image
docker build --no-cache -t netmhc2pan_mcp:latest .

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许可证

学术许可证——基于DTU Bioinformatics的NetMHCIIpan-4.3。商业用途需从DTU Health Tech获取许可证。

致谢

• NetMHCIIpan-4.3：原始软件由DTU Bioinformatics开发
• MCP集成：基于FastMCP框架构建