AMDock：辅助分子对接平台，兼容Autodock4与Vina

AMDock是一款用户友好的图形化工具，旨在通过Autodock-Vina或AutoDock4辅助实现蛋白质-配体复合物的对接。该工具集成了多种外部程序，用于处理对接输入文件、定义搜索空间（箱体）并在用户的监督下执行对接操作。

Linux版1.6.x（构建1.6.1-beta）

文档资料

手册、教程和测试文件位于Doc文件夹中。（注意：可能已过时，请查阅wiki页面）

引用我们

Valdes-Tresanco MS, Valdes-Tresanco ME, Valiente PA, Moreno E. AMDock: A versatile graphical tool for assisting molecular docking with Autodock Vina and Autodock4. Biology Direct. 2020;15(1):12. doi:10.1186/s13062-020-00267-2

安装指南

安装可通过两种方式进行：

1. 仅限Linux：使用Conda环境。 若未安装Conda，请访问Miniconda下载页。对于已有Conda环境的用户，建议创建新环境以避免冲突：

   conda create --name AMDock python=3.9
   conda activate AMDock
   
   接着，
   conda install -c conda-forge pymol-open-source openbabel pdb2pqr
   python -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/AutoDockTools_py3 PyQt5
   python -m pip install AMDock
   

2. 使用操作系统自带的Python 3环境：

   sudo apt install pymol openbabel  # 注意，此版本适用于openbabel 3.x
   python3 -m pip install pdb2pqr PyQt5
   python3 -m pip install git+https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/AutoDockTools_py3
   python3 -m pip install AMDock
   
   安装PyMOL插件grid_amdock.py后方可使用AMDock。
   

启动AMDock，命令行输入AMDock。对于设置便利性，可将以下行加入.bashrc文件以便直接运行：

alias amdock="conda activate AMDock; AMDock"

macOS用户请注意历史更新可在Changes_History文件查看。

教程 请访问项目wiki页面：https://github.com/Valdes-Tresanco-MS/AMDock-win/wiki

本项目由JetBrains提供的开源许可计划支持。