cdhit:Automatically exported from code.google.com/p/cdhit

对于 cd-hit

要求 自4.8.1版本起，cd-hit 支持.gz格式的输入文件，这需要zlib库。大多数Linux系统中已经预装了zlib，因此通常可以顺利编译cd-hit。如果您的系统未安装zlib，请先进行安装：

• 在Ubuntu上安装zlib：

sudo apt install zlib1g-dev

• 在CentOS上安装zlib：

sudo yum install zlib-devel

如何编译

1. 编译时启用多线程支持（默认）：make
2. 如果您使用的是非常旧的系统，禁用多线程支持：make openmp=no
3. 若无法安装zlib：make zlib=no

编译遇到问题 请联系作者

对于 cd-hit-auxtools

cd cd-hit-auxtools
make

在MacOS上编译cd-hit 要在MacOS上安装CD-HIT，首先需要在系统上安装gcc。 您可以使用Homebrew（https://brew.sh/），参考链接：https://formulae.brew.sh/formula/gcc@6。 找到g++可执行文件的路径（例如 /usr/local/Cellar/gcc/6.3.0_1/bin/g++-6，注意：您的g++路径可能不同），然后使用类似以下的命令：

make CC=/usr/local/Cellar/gcc/6.3.0_1/bin/g++-6

对于 psi-cd-hit 请下载BLAST+（非老版BLAST）并将其可执行文件添加到您的 $PATH 中。

更多信息，请访问：http://cd-hit.org

最新的文档可在以下地址获取：https://github.com/weizhongli/cdhit/wiki

cd-hit也提供网页服务，网址为：http://cd-hit.org。