可用于生物本体的搜索、注释和探索，提供访问 BioOntology API 的生产级 MCP 服务器，支持1200+生物本体，具备搜索发现、文本分析、本体导航及分析功能。【此简介由AI生成】

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非官方 BioOntology MCP 服务器

一款生产级别的模型上下文协议（MCP）服务器，提供对 BioOntology API 的全面访问，支持搜索、注释和浏览超过 1200 个生物本体。

功能特性

搜索与发现

search_terms - 通过高级筛选选项跨本体术语进行搜索
search_properties - 按标签和 ID 搜索本体属性
search_ontologies - 按名称、描述或领域查找本体
get_ontology_info - 获取特定本体的详细信息

文本分析

annotate_text - 分析文本并识别相关本体术语
recommend_ontologies - 获取针对文本或关键词的本体推荐
batch_annotate - 高效处理多个文本的注释任务

本体导航

get_class_info - 获取本体类别的详细信息

分析与元数据

get_ontology_metrics - 获取使用统计数据和质量指标
get_analytics_data - 获取访问统计数据和流行趋势

安装

克隆或下载本服务器
安装依赖：
```
npm install
```
构建服务器：
```
npm run build
```

配置

使用本服务器需要 BioOntology API 密钥。可从 BioPortal 获取：

在 https://bioportal.bioontology.org/ 创建账户
从账户设置中生成 API 密钥

设置环境变量：

export BIOONTOLOGY_API_KEY=your_api_key_here

使用方法

运行服务器

node build/index.js

服务器通过标准输入输出（stdio）运行，并实现 MCP 协议以与兼容 MCP 的客户端进行通信。

资源模板

服务器提供多个资源模板，用于直接数据访问：

bioontology://ontology/{acronym} - 完整的本体信息
bioontology://class/{ontology}/{class_id} - 本体类详情
bioontology://search/{query} - 术语搜索结果
bioontology://annotations/{text} - 文本注释结果
bioontology://recommendations/{input} - 本体推荐
bioontology://analytics/{ontology} - 分析数据

工具调用示例

搜索术语：

{
  "tool": "search_terms",
  "arguments": {
    "query": "diabetes",
    "ontologies": "NCIT,DOID",
    "require_definitions": true,
    "pagesize": 10
  }
}

文本注释：

{
  "tool": "annotate_text",
  "arguments": {
    "text": "The patient has diabetes mellitus and hypertension",
    "ontologies": "NCIT,DOID,HP",
    "longest_only": true
  }
}

获取本体推荐：

{
  "tool": "recommend_ontologies",
  "arguments": {
    "input": "cancer treatment protocols",
    "input_type": 1,
    "output_type": 1
  }
}

批量注释多个文本：

{
  "tool": "batch_annotate",
  "arguments": {
    "texts": ["diabetes mellitus", "cardiac arrest", "lung cancer"],
    "ontologies": "NCIT",
    "longest_only": true
  }
}

支持的本体

该服务器可处理 BioPortal 中所有可用的本体（1200 多个），包括：

医学/临床领域：

NCIT - NCI 术语表（癌症术语）
DOID - 疾病本体
HP - 人类表型本体
MESH - 医学主题词表

生物/化学领域：

GO - 基因本体
UBERON - 解剖学本体
CHEBI - 生物相关化学实体

以及 1190 多个更专业的本体

与 MCP 客户端的集成

本服务器与任何支持 MCP 的客户端兼容。常用选项包括：

Claude Desktop - 添加到您的 MCP 配置中
VSCode 扩展 - 与兼容 MCP 的扩展配合使用
自定义应用程序 - 通过 MCP 协议进行集成

MCP 配置示例

添加到您的 MCP 客户端配置中：

{
  "servers": {
    "bioontology": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/bioontology-server/build/index.js"],
      "env": {
        "BIOONTOLOGY_API_KEY": "your_api_key_here"
      }
    }
  }
}

高级功能

输入验证

全面的参数验证，并提供适当的错误提示
所有输入的类型检查
数值参数的范围验证
受限值的枚举验证

错误处理

API错误的优雅处理
结构化错误响应
网络超时管理
身份验证错误报告

性能

高效的API请求处理
适当的超时管理
内存使用优化
并发请求支持

API文档

有关详细的BioOntology API文档，请参见：https://data.bioontology.org/documentation

生产环境使用

本服务器已通过全面测试，可投入生产环境使用。其提供：

可靠的API集成，具备强大的错误处理能力
全面的输入验证，适用于所有工具
完全的MCP协议合规性，确保无缝集成
支持1200+种本体，覆盖所有生物领域
高性能，具有优化的响应时间

许可证

MIT许可证 - 详见LICENSE文件。

引用

如果您在研究或出版物中使用本项目，请按以下格式引用：

@misc{yourproject2025,
  author       = {Moudather Chelbi},
  title        = {Augmented Nature BioOntology MCP Server},
  year         = {2025},
  howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/BioOntology-MCP-Server},
}

项目介绍

Others JavaScript 8提交数

定制我的领域

README

规则集

BioOntology-MCP-Server:基于 MCP 协议的生物本体服务项目