可用于药物发现研究、化学信息学分析和生物活性研究，提供22个专业工具，通过 ChEMBL 的 REST API 实现化合物搜索、靶点分析、生物活性数据查询等功能，支持 MCP 客户端集成。【此简介由AI生成】

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非官方 ChEMBL MCP Server

一个全面的模型上下文协议（MCP）服务器，提供对ChEMBL化学数据库的高级访问。该服务器提供22种专业工具，使AI助手和MCP客户端能够通过ChEMBL的REST API直接进行复杂的药物发现研究、化学信息学分析和生物活性研究。

由 Augmented Nature 开发

功能特点

核心化学搜索与检索（5种工具）

化合物搜索：通过化合物名称、同义词或标识符搜索ChEMBL数据库
化合物详细信息：检索全面的化合物信息，包括结构、性质和注释
基于InChI的搜索：通过InChI键或InChI字符串查找化合物
结构检索：获取多种格式的化学结构信息（SMILES、InChI、MOL、SDF）
相似性搜索：使用Tanimoto相似度查找化学相似的化合物

靶点分析与药物发现（5种工具）

靶点搜索：通过名称或类型搜索生物靶点
靶点详细信息：检索全面的靶点信息和注释
靶点化合物：获取针对特定靶点测试的化合物
UniProt集成：通过UniProt登录号查找ChEMBL靶点
靶点通路：相关的生物通路和作用机制

生物活性与实验数据（5种工具）

活性搜索：搜索生物活性测量值和实验结果
实验详细信息：获取全面的实验方案和条件
活性类型搜索：按特定活性类型和数值范围查找生物活性数据
剂量-反应分析：获取剂量-反应数据和活性谱
活性比较：比较多种化合物或靶点的生物活性数据

药物开发与临床数据（4种工具）

药物搜索：搜索已批准药物和临床候选药物
药物开发状态：获取药物开发状态和临床试验信息
治疗适应症：搜索治疗适应症和疾病领域
作用机制：获取作用机制和靶点相互作用数据

化学性质分析（4 个工具）

ADMET 分析：分析 ADMET 性质（吸收、分布、代谢、排泄、毒性）
分子描述符：计算分子描述符和理化性质
溶解度预测：预测水溶性和渗透性
类药性评估：使用 Lipinski 五规则及其他指标评估类药性

高级搜索与交叉引用（4 个工具）

子结构搜索：查找包含特定子结构的化合物
批量处理：高效处理多个 ChEMBL ID
外部引用：获取外部数据库链接（PubChem、DrugBank、PDB 等）
高级搜索：使用多种化学和生物过滤器进行复杂查询

资源模板

通过 URI 模板直接访问 ChEMBL 数据，实现无缝集成

安装

前提条件

Node.js（v16 或更高版本）
npm 或 yarn

设置

克隆仓库：

git clone <repository-url>
cd chembl-server

安装依赖项：

npm install

构建项目：

npm run build

Docker

构建 Docker 镜像

构建 Docker 镜像：

docker build -t chembl-mcp-server .

使用 Docker 运行

运行容器：

docker run -i chembl-mcp-server

若要集成 MCP 客户端，您可以直接使用该容器：

{
  "mcpServers": {
    "chembl": {
      "command": "docker",
      "args": ["run", "-i", "chembl-mcp-server"],
      "env": {}
    }
  }
}

使用方法

作为 MCP 服务器

该服务器设计为通过标准输入输出（stdio）进行通信的 MCP 服务器：

npm start

添加到 MCP 客户端配置

将服务器添加到您的 MCP 客户端配置中（例如，Claude Desktop）：

{
  "mcpServers": {
    "chembl": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/chembl-server/build/index.js"],
      "env": {}
    }
  }
}

可用工具

1. search_compounds

通过名称、同义词或标识符搜索 ChEMBL 数据库中的化合物。

参数：

query（必填）：搜索查询（化合物名称、同义词或标识符）
limit（可选）：返回结果数量（1-1000，默认值：25）
offset（可选）：跳过结果数量（默认值：0）

示例：

{
  "query": "aspirin",
  "limit": 10
}

2. get_compound_info

通过ChEMBL ID获取特定化合物的详细信息。

参数：

chembl_id（必填）：ChEMBL化合物ID（例如：CHEMBL25）

示例：

{
  "chembl_id": "CHEMBL25"
}

3. search_targets

通过名称或类型搜索生物靶点。

参数：

query（必填）：靶点名称或搜索查询词
target_type（可选）：靶点类型筛选（例如：SINGLE PROTEIN、PROTEIN COMPLEX）
organism（可选）：生物体筛选
limit（可选）：返回结果数量（1-1000，默认值：25）

示例：

{
  "query": "dopamine receptor",
  "organism": "Homo sapiens",
  "limit": 5
}

4. search_activities

搜索生物活性测量值和实验结果。

参数：

target_chembl_id（可选）：ChEMBL 靶点 ID 筛选条件
assay_chembl_id（可选）：ChEMBL 实验 ID 筛选条件
molecule_chembl_id（可选）：ChEMBL 化合物 ID 筛选条件
activity_type（可选）：活性类型（例如，IC50、Ki、EC50）
limit（可选）：返回结果数量（1-1000，默认值：25）

示例：

{
  "target_chembl_id": "CHEMBL2095173",
  "activity_type": "IC50",
  "limit": 50
}

5. batch_compound_lookup

高效处理多个ChEMBL ID。

参数：

chembl_ids（必填）：ChEMBL化合物ID数组（1-50个）

示例：

{
  "chembl_ids": ["CHEMBL25", "CHEMBL59", "CHEMBL1642"]
}

资源模板

服务器通过 URI 模板提供对 ChEMBL 数据的直接访问：

1. 化合物信息

URI：chembl://compound/{chembl_id}
描述：特定 ChEMBL ID 的完整化合物信息
示例：chembl://compound/CHEMBL25

2. 靶点信息

URI：chembl://target/{chembl_id}
描述：特定 ChEMBL 靶点 ID 的完整靶点信息
示例：chembl://target/CHEMBL2095173

3. 实验信息

URI：chembl://assay/{chembl_id}
描述：特定 ChEMBL 实验 ID 的完整实验信息
示例：chembl://assay/CHEMBL1217643

4. 活性信息

URI：chembl://activity/{activity_id}
描述：特定活性 ID 的生物活性测量数据
示例：chembl://activity/12345678

5. 搜索结果

URI：chembl://search/{query}
描述：与查询匹配的化合物搜索结果
示例：chembl://search/aspirin

示例

基础化合物搜索

搜索阿司匹林相关化合物：

// Tool call
{
  "tool": "search_compounds",
  "arguments": {
    "query": "aspirin",
    "limit": 5
  }
}

获取详细的化合物信息

检索有关阿司匹林的综合信息：

// Tool call
{
  "tool": "get_compound_info",
  "arguments": {
    "chembl_id": "CHEMBL25"
  }
}

基于靶点的搜索

查找针对多巴胺受体进行测试的化合物：

// Tool call
{
  "tool": "search_targets",
  "arguments": {
    "query": "dopamine receptor D2",
    "organism": "Homo sapiens"
  }
}

生物活性分析

搜索针对特定靶点的IC50数据：

// Tool call
{
  "tool": "search_activities",
  "arguments": {
    "target_chembl_id": "CHEMBL2095173",
    "activity_type": "IC50",
    "limit": 100
  }
}

批量处理

高效处理多种化合物：

// Tool call
{
  "tool": "batch_compound_lookup",
  "arguments": {
    "chembl_ids": ["CHEMBL25", "CHEMBL59", "CHEMBL1642", "CHEMBL1201585"]
  }
}

API 集成

本服务器与 ChEMBL REST API 集成，以实现对化学数据的程序化访问。有关 ChEMBL 的更多信息：

ChEMBL 网站：https://www.ebi.ac.uk/chembl/
API 文档：https://chembl.gitbook.io/chembl-interface-documentation/web-services
REST API 指南：https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data/docs

所有 API 请求均包含：

用户代理：ChEMBL-MCP-Server/1.0.0
超时时间：30 秒
基础 URL：https://www.ebi.ac.uk/chembl/api/data

错误处理

服务器包含全面的错误处理机制：

输入验证：所有参数均使用类型守卫进行验证
API 错误：捕获网络和 API 错误，并返回描述性消息
超时处理：请求在 30 秒后超时
优雅降级：适当处理部分失败情况

开发

构建项目

npm run build

开发模式

以监视模式运行 TypeScript 编译器：

npm run dev

项目结构

chembl-server/
├── src/
│   └── index.ts          # Main server implementation
├── build/                # Compiled JavaScript output
├── package.json          # Node.js dependencies and scripts
├── tsconfig.json         # TypeScript configuration
└── README.md            # This file

依赖项

@modelcontextprotocol/sdk：用于服务器实现的核心 MCP SDK
axios：用于 ChEMBL API 请求的 HTTP 客户端
typescript：用于开发的 TypeScript 编译器

许可证

MIT 许可证

贡献指南

Fork 本仓库
创建功能分支
进行修改
如适用，添加测试
提交拉取请求

支持

有关问题和疑问：

查阅 ChEMBL API 文档
查看模型上下文协议规范
在仓库上提交 issue

关于 Augmented Nature

这款全面的 ChEMBL MCP Server 由 Augmented Nature 开发。Augmented Nature 是 AI 驱动的生物信息学和计算化学解决方案领域的领先创新者，专注于打造先进工具，弥合人工智能与化学研究之间的差距，助力研究人员从化学和生物数据中发掘更深入的见解。

完整工具参考

核心化学搜索与检索工具

search_compounds - 按名称、同义词或标识符搜索 ChEMBL 数据库
get_compound_info - 通过 ChEMBL ID 获取详细的化合物信息
search_by_inchi - 按 InChI 键或 InChI 字符串查找化合物
get_compound_structure - 以多种格式检索化学结构
search_similar_compounds - 使用 Tanimoto 相似度查找化学相似的化合物

靶点分析与药物发现工具

search_targets - 按名称或类型搜索生物靶点
get_target_info - 通过 ChEMBL 靶点 ID 获取详细的靶点信息
get_target_compounds - 获取针对特定靶点测试的化合物
search_by_uniprot - 通过 UniProt 登录号查找 ChEMBL 靶点
get_target_pathways - 获取与靶点相关的生物通路

生物活性与测定数据工具

search_activities - 搜索生物活性测量值和测定结果
get_assay_info - 通过 ChEMBL 测定 ID 获取详细的测定信息
search_by_activity_type - 按活性类型和数值范围查找生物活性数据
get_dose_response - 获取剂量-反应数据和活性谱
compare_activities - 比较多种化合物的生物活性数据

药物研发与临床数据工具

search_drugs - 搜索已获批药物和临床候选药物
get_drug_info - 获取药物研发状态和临床试验信息
search_drug_indications - 搜索治疗适应症和疾病领域
get_mechanism_of_action - 获取作用机制和靶点相互作用数据

化学性质分析工具

analyze_admet_properties - 分析ADMET性质
calculate_descriptors - 计算分子描述符和理化性质
predict_solubility - 预测水溶性和渗透性
assess_drug_likeness - 使用Lipinski五规则评估类药性

高级搜索与交叉引用工具

substructure_search - 查找包含特定亚结构的化合物
batch_compound_lookup - 高效处理多个ChEMBL ID
get_external_references - 获取外部数据库链接
advanced_search - 包含多种化学和生物学筛选条件的复杂查询

更新日志

v1.0.0 - 初始版本

全面化学智能：27个药物发现专用工具
核心功能：化合物搜索、靶点分析、生物活性数据
高级特性：相似性搜索、批量处理、交叉引用
资源模板：基于URI的ChEMBL数据直接访问
Docker支持：采用安全最佳实践的容器化部署
专业文档：完整的工具参考和示例
由Augmented Nature开发：专业化学信息学平台

引用说明

如果您在研究或出版物中使用本项目，请按以下格式引用：

author = {Moudather Chelbi},
title = {ChEMBL MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/ChEMBL-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}

项目介绍

Others JavaScript 9提交数

定制我的领域

README

规则集

ChEMBL-MCP-Server:基于 ChEMBL 数据库的 Model Context Protocol 服务器项目

非官方 ChEMBL MCP Server

功能特点

核心化学搜索与检索（5种工具）

靶点分析与药物发现（5种工具）

生物活性与实验数据（5种工具）

药物开发与临床数据（4种工具）

化学性质分析（4 个工具）

高级搜索与交叉引用（4 个工具）

资源模板

安装

前提条件

设置

Docker

构建 Docker 镜像

使用 Docker 运行

使用方法

作为 MCP 服务器

添加到 MCP 客户端配置

可用工具

1. search_compounds

2. get_compound_info

3. search_targets

4. search_activities

5. batch_compound_lookup

资源模板

1. 化合物信息

2. 靶点信息

3. 实验信息

4. 活性信息

5. 搜索结果

示例

基础化合物搜索

获取详细的化合物信息

基于靶点的搜索

生物活性分析

批量处理

API 集成

错误处理

开发

构建项目

开发模式

项目结构

依赖项

许可证

贡献指南

支持

关于 Augmented Nature

完整工具参考

核心化学搜索与检索工具

靶点分析与药物发现工具

生物活性与测定数据工具

药物研发与临床数据工具

化学性质分析工具

高级搜索与交叉引用工具

更新日志

v1.0.0 - 初始版本

引用说明

项目介绍