非官方 Gene Ontology MCP 服务器

一个全面的模型上下文协议服务器，用于访问基因本体（GO）数据，使 AI 系统能够执行基于本体的分析、基因注释研究和功能富集研究。

功能特点

• 术语搜索与查询：通过关键词、名称或定义搜索 GO 术语
• 本体导航：探索术语之间的层级关系
• 基因注释：访问基因和蛋白质的 GO 注释
• 验证：验证 GO 标识符并检查术语是否存在
• 统计信息：获取全面的本体统计数据和元数据

安装

npm install
npm run build

使用方法

作为 MCP 服务器

添加到您的 MCP 客户端配置中：

{
  "mcpServers": {
    "go-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/go-server/build/index.js"]
    }
  }
}

可用工具

search_go_terms

通过关键词、名称或定义搜索 Gene Ontology 术语。

{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 10
}

get_go_term

获取特定 GO 术语的详细信息。

{
  "id": "GO:0006915"
}

validate_go_id

验证 GO 标识符格式并检查术语是否存在。

{
  "id": "GO:0008150"
}

get_ontology_stats

获取有关 GO 本体的统计信息（术语数量、最近更新）。

{
  "ontology": "all"
}

资源模板

• go://term/{id} - 完整的 GO 术语信息
• go://annotations/{gene} - 基因注释
• go://search/{query} - 搜索结果
• go://hierarchy/{id} - 术语层级关系

示例

搜索与细胞凋亡相关的术语

# Using the search_go_terms tool
{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 5,
  "include_obsolete": false
}

获取 GO 术语的详细信息

# Using the get_go_term tool
{
  "id": "GO:0006915"
}

验证 GO 标识符

# Using the validate_go_id tool
{
  "id": "GO:0008150"
}

数据来源

本服务器集成了以下数据源：

• QuickGO API（https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/）- 主要数据来源
• GO 联盟（https://geneontology.org/）- 官方基因本体论
• AmiGO（http://amigo.geneontology.org/）- 附加浏览界面

错误处理

服务器包含全面的错误处理机制，可处理：

• 无效的 GO 标识符
• 缺失的术语
• API 超时
• 网络错误
• 格式错误的请求

贡献指南

1. Fork 本仓库
2. 创建功能分支
3. 进行修改
4. 如适用，添加测试
5. 提交拉取请求

引用说明

如果您在研究或出版物中使用本项目，请按以下方式引用：

author = {Moudather Chelbi},
title = {GeneOntology MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/GeneOntology-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}