非官方 Reactome MCP Server 🧬

用于访问 Reactome 通路和系统生物学数据的模型上下文协议服务器。

由 Augmented Nature 开发 — 推动科学发现人工智能的发展

✅ 已验证功能

所有 8 个工具均支持 Reactome API 实时数据：

• 🔍 通路搜索 - 按名称、过程、关键词搜索生物通路
• 📊 通路详情 - 全面的通路信息和组成部分
• 🧬 基因至通路 - 查找包含特定基因/蛋白质的通路
• 🦠 疾病通路 - 疾病相关的生物学机制
• 🌲 通路层级结构 - 父子关系和通路结构
• 🧪 通路参与者 - 参与通路的所有分子
• ⚗️ 生化反应 - 详细的反应信息
• 🔗 蛋白质相互作用 - 通路内的分子相互作用

🚀 快速开始

# Install and build
npm install
npm run build

# Run the server
node build/index.js

📋 MCP 客户端配置

Claude 桌面版

{
  "mcpServers": {
    "reactome-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/reactome-server/build/index.js"]
    }
  }
}

其他 MCP 客户端

node /path/to/reactome-server/build/index.js

🛠️ 可用工具

🔍 search_pathways

按名称、描述或关键词搜索生物学通路

{
  "name": "search_pathways",
  "arguments": {
    "query": "cell cycle", // Pathway name, process, or keywords
    "type": "pathway", // Optional: pathway, reaction, protein, complex, disease
    "size": 20 // Optional: 1-100 results (default: 20)
  }
}

示例结果：

• 细胞周期（R-HSA-1640170）- 细胞周期的进展与调控
• 细胞周期检查点（R-HSA-69620）- 质量控制机制
• 有丝分裂 G1-G1/S 期（R-HSA-453279）- G1 期进展

📊 get_pathway_details

获取特定通路的综合信息

{
  "name": "get_pathway_details",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🧬 find_pathways_by_gene

查找包含特定基因或蛋白质的所有通路

{
  "name": "find_pathways_by_gene",
  "arguments": {
    "gene": "BRCA1", // Gene symbol or UniProt ID
    "species": "Homo sapiens" // Optional: species (default: Homo sapiens)
  }
}

🦠 find_pathways_by_disease

查找疾病相关通路和机制

{
  "name": "find_pathways_by_disease",
  "arguments": {
    "disease": "cancer", // Disease name or DOID identifier
    "size": 25 // Optional: 1-100 pathways (default: 25)
  }
}

🌲 get_pathway_hierarchy

获取层级结构及父子关系

{
  "name": "get_pathway_hierarchy",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🧪 get_pathway_participants

获取通路中的所有分子（蛋白质、基因、化合物）

{
  "name": "get_pathway_participants",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

⚗️ get_pathway_reactions

获取通路内的所有生化反应

{
  "name": "get_pathway_reactions",
  "arguments": {
    "id": "R-HSA-1640170" // Reactome pathway stable identifier
  }
}

🔗 get_protein_interactions

获取通路内的蛋白质-蛋白质相互作用

{
  "name": "get_protein_interactions",
  "arguments": {
    "pathwayId": "R-HSA-1640170", // Reactome pathway stable identifier
    "interactionType": "all" // Optional: protein-protein, regulatory, catalysis, all
  }
}

📚 资源模板

通过标准化 URI 访问 Reactome 数据：

• reactome://pathway/{id} - 完整的通路信息
• reactome://reaction/{id} - 详细的反应信息
• reactome://protein/{id} - 蛋白质详情及关联信息
• reactome://disease/{id} - 疾病相关通路
• reactome://search/{query} - 搜索结果

🧪 实际应用示例

系统生物学工作流程

# 1. Search for DNA repair pathways
{"name": "search_pathways", "arguments": {"query": "DNA repair", "size": 10}}

# 2. Get detailed pathway information
{"name": "get_pathway_details", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

# 3. Find all pathways containing BRCA1
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "BRCA1"}}

# 4. Get pathway participants
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}

疾病机制研究

# 1. Search for cancer-related pathways
{"name": "find_pathways_by_disease", "arguments": {"disease": "cancer", "size": 15}}

# 2. Get pathway hierarchy for oncogenic signaling
{"name": "get_pathway_hierarchy", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

# 3. Analyze biochemical reactions
{"name": "get_pathway_reactions", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}

药物发现流程

# 1. Find pathways for drug target
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "EGFR"}}

# 2. Get protein interactions in pathway
{"name": "get_protein_interactions", "arguments": {"pathwayId": "R-HSA-177929"}}

# 3. Analyze pathway participants
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-177929"}}

🔬 数据覆盖范围

Reactome 提供以下经过人工整理的数据：

• 25,000+ 反应，涵盖所有主要生物学过程
• 14,000+ 蛋白质，包含详细的功能注释
• 2,500+ 通路，涉及细胞和分子过程
• 20+ 物种，包括人类、小鼠、大鼠及模式生物
• 交叉引用，关联至 UniProt、ChEMBL、Ensembl 及其他数据库

关键生物学领域：

• 信号转导通路
• 代谢过程与网络
• 基因调控与表达
• 细胞周期与 DNA 修复
• 免疫系统应答
• 疾病机制与药物作用
• 发育生物学过程

🏗️ 架构

• TypeScript 实现，具备强大的类型安全性
• Reactome Content Service API，支持高效数据检索
• MCP 协议 兼容的 JSON-RPC 通信
• 错误处理，包含全面的验证机制
• 生产就绪，具备 30 秒超时设置和完善的日志记录

📊 API 信息

• 基础 URL：https://reactome.org/ContentService
• 版本：Reactome v79（最新版）
• 速率限制：研究用途限制宽松
• 身份验证：无需验证
• 格式：REST API，返回 JSON 响应

🤝 贡献指南

1. Fork 本仓库
2. 进行修改
3. 提交拉取请求

引用

如果您在研究或出版物中使用本项目，请按以下方式引用：

author = {Moudather Chelbi},
title = {Reactome MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/Reactome-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}