BioMCP：赋能基于智能体的生物医学研发

概述

BioMCP 是一款模型上下文协议 (MCP) 服务器，旨在为大型语言模型增强蛋白质结构分析能力。它通过与成熟的蛋白质数据库交互，提供蛋白质活性位点分析和疾病相关蛋白质搜索工具。

未来工作将围绕使智能体能够利用 BioMCP 展开。

功能特点

• 活性位点分析：使用 PDB ID 检查蛋白质的结合位点和功能残基
• 疾病-蛋白质搜索：查找与特定疾病或医疗状况相关的蛋白质结构
• 集成数据访问：与 RCSB 蛋白质数据库 (PDB) 无缝连接

技术详情

BioMCP 实现了模型上下文协议，使语言模型能够访问专业的蛋白质结构知识，而无需将此类信息纳入其训练数据。该服务器处理 API 连接、数据格式化和错误处理，以提供可靠的蛋白质结构见解。

API 端点

BioMCP 提供两个主要工具：

1. analyze-active-site：使用 PDB ID 提供蛋白质结合位点的详细信息
2. search-disease-proteins：返回与指定疾病或医疗状况相关的蛋白质

快速开始

通过 Smithery 安装

要通过 Smithery 为 Claude Desktop 自动安装 BioMCP：

npx -y @smithery/cli install @acashmoney/bio-mcp --client claude

手动安装

# Clone the repository
git clone https://github.com/acashmoney/bio-mcp.git

# Install dependencies
npm install

# Start the server
npm start

设置说明

运行 MCP 检查器

1. 启动 BioMCP 服务器：

   npm start
   

2. 在另一个终端中，全局安装 MCP 检查器（如果尚未安装）：

   npm install -g @anthropic-ai/mcp-inspector
   

3. 启动 MCP 检查器并连接到本地 BioMCP 服务器：

   npx @modelcontextprotocol/inspector node build/index.js
   

4. 使用检查器界面测试工具并查看响应。

与 Claude Desktop 配合使用

1. 构建 BioMCP 服务器：

   npm run build
   

2. 配置 Claude Desktop 以启动 MCP 服务器：

   a. 找到您的 Claude Desktop config.json 文件（通常位于用户目录中）

   b. 编辑 config.json 以包含 BioMCP 服务器构建路径。示例配置：

   {
     "globalShortcut": "",
     "mcpServers": {
       "bio-mcp": {
         "command": "node",
         "args": [
           "/path/to/your/build/index.js"
         ]
       }
     }
   }
   

   c. 将 /path/to/your/build 替换为项目目录的实际路径。

3. 重启 Claude Desktop 使更改生效。

4. 现在您可以向 Claude 提出利用 BioMCP 工具的问题：

   • "PDB 结构 6LU7 活性位点中的关键残基是什么？"
   • "查找与阿尔茨海默病相关的蛋白质"

示例用法

当与兼容的语言模型集成时，Bio-MCP 支持以下查询：

• "PDB 结构 6LU7 活性位点中的关键残基是什么？"
• "查找与阿尔茨海默病相关的蛋白质"

要求

• Node.js 20.0.0 或更高版本
• TypeScript 5.0+
• 兼容的 MCP 客户端实现

测试

BioMCP 包含全面的测试套件，包括单元测试、集成测试和端到端测试。

运行测试

运行所有测试：

npm test

运行特定测试套件：

# Unit tests only
npm run test:unit

# Integration tests only (API interactions)
npm run test:integration

# End-to-end tests only
npm run test:e2e

代码检查

检查代码质量：

npm run lint

自动修复代码检查问题：

npm run lint:fix

路线图

• 扩展活性位点描述的详细程度
• 利用三维坐标
• 用于对接文献的工具
• 用于对接计算生物学模型的工具：
  • RFdiffusion
  • ProteinMPNN
  • ColabFold
  • 其他蛋白质设计和结构预测工具
• 基于智能体的研究流程
• 推出带有蛋白质可视化工具的客户端