AI for Life Science

文件	最后提交记录	最后更新时间
PyTorch	upload Goedel-Prover	1 个月前
LICENSE	add README and license	11 个月前
OWNERS	new: 新建文件 OWNERS Signed-off-by: jayhua <huayuxiu1@huawei.com>	1 年前
README.md	update: 更新文件 README.md Signed-off-by: gmq123 <1340346106@qq.com>	1 个月前
Third_Party_Open_Source_Software_Notice	add README and license	11 个月前

LifeScience-Ascend

简介

LifeScience-Ascend聚焦生命科学领域AI4S模型在昇腾机器上的实操案例，平台的每个模型都有详细的使用指导。如果您有任何需求，请在GitCode提交issue，我们会及时处理。

目录	说明
PyTorch	基于Pytorch框架的模型参考

模型清单

Model	链接	适配框架
LigandMPNN	https://gitcode.com/AI4Science/LifeScience/tree/main/PyTorch/LigandMPNN	PyTorch
ProteinMPNN	https://gitcode.com/AI4Science/LifeScience/tree/main/PyTorch/ProteinMPNN	PyTorch
RFDiffusion	https://gitcode.com/AI4Science/LifeScience/tree/main/PyTorch/RFdiffusion_pyg	PyTorch
DiffDock	https://gitcode.com/AI4Science/LifeScience/tree/main/PyTorch/DiffDock	PyTorch
OpenFold	https://gitcode.com/AI4Science/LifeScience/tree/main/PyTorch/OpenFold	PyTorch
ProteinX	https://gitcode.com/AI4Science/LifeScience/tree/main/PyTorch/Proteinx	PyTorch
RoseTTAFold		PyTorch
ESMFold		PyTorch
XFold		PyTorch
ESM2		PyTorch
ESM3		PyTorch
GeneFormer		PyTorch
PeptideBert		PyTorch

模型上传基本准则

	准则	操作要求	验收标准
1	代码提交至对应学科仓	模型的适配代码、脚本、配置统一以 PR 方式提交到对应学科仓的 `模型框架/<model-name>/` 目录下	仓内代码完整可复现；权重、数据集等大二进制不入仓
2	权重上传魔乐社区	适配后的权重统一上传至魔乐社区 Ascend-AI4S 组织下的对应仓库；学科仓 README 中提供权重下载链接，魔乐仓描述中回链学科仓	权重可公开下载，双向链接有效
3	同步更新主页	模型合入后，在 AI4Science/home_page.html 增加模型条目	主页模型清单与学科仓实际内容一致
4	学科负责人审核	每个学科的 PR 由对应学科负责人审核，确认代码规范、文档完整、链接可用后方可合入	PR 有学科负责人 Approve

模型上传checklist

A. 上传前准备

模型已在昇腾环境跑通并记录：硬件型号、CANN 版本、框架及版本
精度已对齐：有与 GPU、CPU 基线的对比数据（关键指标偏差在可接受范围内）
复现脚本、配置文件、适配说明文档齐备

B. 代码提交

在对应学科仓下，按 模型框架/<model-name>/ 新建目录
代码、脚本、配置全部上传
模型 README.md 含全部必填字段
确认仓内无权重/数据集等大二进制文件（这些放魔乐社区）
提交 PR，标签标注 new-model、学科名称

C. 权重上传

权重上传至魔乐社区对应仓库并设为公开
模型 README.md 中补充魔乐权重下载链接
魔乐仓描述中回链对应学科仓

D. 学科负责人审核

学科负责人 Review 代码与文档完整性
模型 README.md 信息完整
链接可用（原模型、魔乐权重、学科仓均有效）
审核通过，合入 PR

E. 同步更新主页

向 AI4Science/home_page.html 提交 PR，新增模型条目（模型名称 / 学科仓链接 / 魔乐权重链接 / 学科 / 状态 / 负责人）
确认主页渲染正常、链接可跳转

F. 收尾验证

三处链接互通：主页 → 学科仓 → 魔乐权重仓
按模型 README 步骤抽验一键复现成功

使用方式：每上传一个新模型复制一份 Checklist，全部勾完即完成上传；学科负责人审核 PR 时逐项核对，缺项不合并。

免责声明

致 LifeScience-Ascend 使用者

LifeScience-Ascend 提供的模型仅供您用于非商业目的。
对于各模型，LifeScience-Ascend 平台仅提示性地向您建议可用于训练的数据集，如您使用这些数据集进行训练，请您特别注意应遵守对应数据集的 License。
如您在使用 LifeScience-Ascend 模型过程中，发现任何问题（包括但不限于功能问题、合规问题），请在 Gitcode 提交 issue，我们将及时审视并解决。

致数据集所有者

如果您不希望您的数据集在 LifeScience-Ascend 中的模型被提及，或希望更新 LifeScience-Ascend 中的模型关于您的数据集的描述，请在 Gitcode 提交 issue，我们将根据您的 issue 要求删除或更新您的数据集描述。衷心感谢您对 LifeScience-Ascend 的理解和贡献。